UR 협상으로 본격화된 농산물시장 개방에 따른 농업·농촌의 효과적 대응을 위해 농업의 경쟁력 제고와 농업인의 복리 증진이 뒷받침되어야 한다는 국민적 합의에 근거하여, 1994년에 목적세 성격의 조세인 농어촌특별세가 도입되었다. 이 조세는 2004년까지 10년간 한시적으로 운영하기로 계획되었다. 그러나 한·칠레 FTA 체결을 시작으로 지속적인 시장개방의 가능성이 제기되었고, 그에 따른 추가적 농림투융자 재원 확보의 필요성이 제기됨에 따라 추가 10년을 연장하여 2014년 6월 30일 운영기간 만료 예정이었다.
본 연구는 농어촌특별세의 기간 만료를 앞둔 시점에서 도입 이후 지금까지 운영되어 온 농어촌특별세의 세입 및 세출 구조와 운영실태 등을 분석하고, 향후 농업·농촌 여건변화에 비추어 현실적으로 농어촌특별세가 존치되어야 할 필요성, 농식품재정의 효율성 및 성과 제고를 위해 필요한 정책적 제안 사항을 연구추진 과정에서 제시하였다. 그 결과, 조세정책의 총괄부처인 기획재정부는 2014년 조세정책 개편방안에서 농어촌특별세의 추가 10년 연장계획을 발표함으로써 본 연구 수행의 1차 목적을 달성하였다.
농어촌특별세의 추가연장 필요성에 대한 논리 제시와 함께 농어촌특별세 세입원의 안정적 확보를 위한 세입구조 개편과 추가 세원 발굴, 목적세로서 역할 제고를 위한 사업 추진방향, 농식품 투융자의 성과 제고를 위한 방안 등 정책과제를 발굴하여 제시하였다.
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