일본에서는 2001년 9월 광우병(BSE) 발생, 이와 관련하여 2002년초부터 나타난 쇠고기, 돼지고기, 닭고기 등의 위장표시 문제, 그리고 중국산 수입채소에서의 잔류농약검출, 무등록 농약의 유통과 사용 등 식품의 안전을 교란하는 문제가 빈발하고 있다.
동시에, 농산물 시장개방과 식품유통의 광역화가 진행됨에 따라 식품사고도 광역화, 대형화하는 경향이 있다. O157이나 광우병 등 새로운 위해요소가 발생하여 전국을 대상으로 영향을 끼치고 있는 등 소비자에게 식품의 안전성에 대한 심각한 불신감을 낳는 요인으로 작용하였다. 이러한 상황을 배경으로 식품 안전성 확보에 적극적으로 대응하고 있다.
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